柱箱和色譜柱是在線過程氣相色譜儀的重要組成部分。柱溫，即色譜柱所處的溫度（或柱溫箱溫度），是在線過程氣相色譜儀的三個重要溫度（氣化室溫度、柱溫箱溫度和檢測器溫度）之一，也是最重要的一個溫度。

色譜柱溫度高低極大地影響組分出峰快慢和分離情況，也影響柱前端壓力，更重要的是對物質的分離、分析結果帶來影響。

在線過程氣相色譜儀中，柱溫是影響化合物保留時間的重要因素。使用中，應注意柱溫的選擇，因為柱溫關系到：

①色譜柱固定液的壽命。若柱溫高于固定液的最高使用溫度，則會造成固定液隨載氣流失，不但影響柱的壽命，而且固定液隨載氣進入檢測器，將污染檢測器，影響分析結果。

②分離效能和分析時間。若柱溫過高了，雖然出峰變快分析時間縮短，但是會使各組分的分配系數K值變小，分離度減小；柱溫過低，傳質速率顯著降低，雖然能增加分離效果，但是會延長分析時間。

③化合物保留時間。柱溫越高，出峰越快，保留時間變小。柱溫變化會造成保留時間的重現性不好，從而影響樣品組分的定性結果。一般柱溫變化1℃，組分的保留時間變化5%。

④色譜峰峰形。柱溫升高，正常情況下會導致半峰寬變窄，峰高變高，峰面積不變。但是組分峰高變高，以峰高進行定量時時分析結果可能產生變化；反之柱溫降低，則相反。

既然柱溫變化對分析結果有重要影響，那么選擇合適的柱溫以及對柱溫進行控制就很重要了。首先，應保證柱溫不高于固定液的最高使用溫度（即色譜柱的最高耐受溫度），避免固定液流失而影響色譜柱柱效和使用壽命；其次，選擇合適的柱溫，柱溫的選擇應使難分離的兩組分達到預期的分離效果，峰形正常而分析時間又不長為宜，一般柱溫應比試樣中各組分的平均沸點低20-30℃，通過試驗決定。 在線過程氣相色譜儀一般不用程序升溫，而是用閥切割、反吹以及輔助柱溫箱、多色譜柱解決復雜問題。